De forme originale, le havre de la Vanlée est le plus méridional. Cet ensemble naturel remarquable de plus de 800 ha est indemne de toute urbanisation. Il est séparé de la mer par un cordon dunaire orienté sud-nord et présente une tendance lagunaire très nette, confortée par le caractère submersible de la route qui le traverse. Le havre de Regnéville, ou estuaire de la Sienne, est par sa superficie le plus important du Cotentin. Vaste échancrure de 5 à 6 kilomètres de profondeur, d'une superficie d'environ 1 800 hectares, il est isolé de la mer par une vaste flèche sableuse orientée vers le sud : la pointe d'Agon. Le havre de Surville est le plus petit estuaire de la côte ouest de la Manche : profond d'un kilomètre et ne dépassant guère 500 mètres de largeur, il couvre une superficie de 70 ha environ. Le havre de Surville a échappé à l'urbanisation et à la sur fréquentation touristique. Il présente un intérêt particulier du fait de sa position centrale à l'intérieur d'un massif dunaire bien préservé. Il offre une succession caractéristique des milieux pionniers estuariens.

L'ensemble des havres se situe sur le domaine public maritime. Ces estuaires associent bancs de sable, vasières et prés-salés encadrés par des massifs dunaires.

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Les particularités régionales de ces havres résident dans les successions typiques des communautés atlantiques de plantes adaptées aux milieux salés, allant des zones peu végétalisées des vasières (ou slikke) jusqu'au haut schorre (sommet de l'herbu) à plus faible influence saline. Lieux de très haute productivité végétale, ils assurent les bases nutritionnelles des réseaux alimentaires littoraux tant continentaux que maritimes. Les havres présentent un obstacle au déplacement des sables sous l'effet des vents dominants : leur dépôt s'effectue sous la forme de pointes ou de flèches sableuses. Celles-ci sont alors rapidement colonisées par les formations végétales typiques des milieux dunaires depuis les dunes embryonnaires jusqu'aux dunes fixées.

Sur la slikke (vasière), les plantes caractéristiques sont la salicorne, la soude maritime et la spartine. En revanche, se développent sur le schorre (pré-salé) la puccinellie maritime, l'arroche pourpière, l'obione, l'aster, la fétuque, le plaintain maritime, etc...

Les havres ont une qualité paysagère originale et des formes de vie qui leur confèrent une valeur écologique et biologique particulière . La quasi totalité de leur superficie abrite des milieux naturels visés par la directive Habitats : prés salés atlantiques, végétations annuelles à salicornes, zones à spartine et bancs de sable à faible couverture permanente d'eau marine.

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Les havres sont également le refuge pour des espèces animales d'intérêt communautaire. Le phoque veau-marin, qui fréquente les côtes sableuses, est occasionnellement présent dans les estuaires. Le phoque gris, typique des côtes rocheuses, est plus rare. Le saumon atlantique, poisson migrateur, remonte les rivières comme la Sienne pour se reproduire.

Lorsque les havres sont en eau à marée haute et même à marée basse dans certains chenaux, les oiseaux plongeurs, le plus souvent piscivores, sont observés. Cependant, les espèces les plus fréquentes sont le grèbe huppé, le grèbe castagneux, le grand cormoran, le héron cendré, l'aigrette garzette, le harle huppé et les laridés (mouette pygmée et sternes). La marée basse permet aux limicoles (pluvier argenté, grand gravelot, bécasseau variable, courlis cendré et barge rousse... ), aux goélands et aux tadornes de Belon de se nourrir sur les vasières.

La bernache cravant, le grand gravelot, le tournepierre à collier et l'huîtrier-pie sont des espèces qui  hivernent dans les havres.

Le canard colvert et la sarcelle d'hiver sont bien représentés sur le havre de Geffosses du fait de son classement et de son aménagement en réserve de chasse maritime et de la présence d'un plan d'eau permanent.

Nombreux sont les petits bars venant chasser dans les havres.

Dans tous les havres de la côte ouest, la superficie des herbus s'étend d'année en année. Ce processus naturel a longtemps été freiné par l'exploitation artisanale mais généralisée de la tangue pour amender les terres agricoles. La cessation de cette activité a favorisé la reprise du schorre, d'autant plus que les pratiques modernes liées à la maïsiculture et à l'urbanisation sont génératrices d'érosion superficielle des sols. De plus, les rivières transportent davantage de sédiments provenant de l'amont. Le développement de la spartine, plante pionnière, n'a pu que favoriser l'avancée des herbus au détriment de la slikke.

Les havres de la Vanlée, de Regnéville et de Saintt Germain sur Ay sont des zones estuariennes propices au développement d'une activité conchylicole. La pêche au mulet y est également pratiquée. Des gabions sont présents sur le schorre. Des moutons de pré-salé paissent également sur cette zone, et le havre de Surville, ce qui participe à la qualité paysagère du site.

Le havre de la Vanlée a fait l'objet d'aménagements conséquents ayant entraîné la poldérisation du fond du havre, qui contribuent au comblement plus rapide de la partie nord. Sur le havre de Saint-Germain sur Ay, le recul de la dune menace à court terme quelques habitations légères.

La situation abritée du havre de Saint Germain sur Ay a fait naître dès 1982 un projet consistant en la création d'un port d'échouage à la pointe sud-est, le long de la rive concave du havre. Celui-ci est sur le point de voir le jour.

Les différentes activités humaines s'exerçant sur les havres et leurs pourtours, tel le maraîchage, le pâturage (bovin, équin et ovin), la chasse, l'urbanisation et la fréquentation touristique ont des conséquences importantes sur le milieu naturel (pollution, érosion, dégradation du haut schorre et du haut de plage par surpiétinement). D'autres pratiques peuvent en revanche concourir aux maintien des habitats dans la mesure où elle n'exercent pas une pression trop forte sur le milieu.

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Les nombreuses actions du Conservatoire du littoral et de ses partenaires contribuent très largement à atteindre les objectifs de préservation recherchés : programmes d'acquisition importants, mise en place de servitudes, réalisation de plans de gestion et constitution de comités de gestion. Ces comités sont composés de tous les partenaires concernés par les sites (communes, Syndicat Mixte départemental, usagers, érudits locaux, associations). Ils se réunissent régulièrement et permettent ainsi de mener une réflexion sur les aménagements nécessaires et l'organisation des différents usages sur les sites. Les havres de la côte ouest du Cotentin sont en outre concernés par l'annexe II de la directive Habitats et disposeront d'outils de protection supplémentaire, au titre de Natura 2000. De plus, il est important de noter que les havres de Saint Germain sur Ay, de Regnéville et de la Vanlée sont des sites classés au titre de la loi du 2 mai 1930.

Le Centre Permanent d'Initiatives pour l'Environnement (CPIE) de Lessay développe des actions de sensibilisation et de découverte sur le havre de Saint-Germain sur Ay.

Aujourd'hui, le Conservatoire du littoral est propriétaire de 8 hectares sur le havre de la Vanlée, 212 sur le havre de Surville, 195 sur le havre de Saint Germain sur Ay, dont 90 en servitude de protection et 12 en servitude de protection sur le havre de Geffosses.

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