Sur le site se côtoient le cratère du Dziani Dzaha, les plages de Moya, la colline de Vigie et les falaises qui lui sont contiguës. Le site de Papani-Moya est depuis longtemps voué à une agriculture vivrière. Les feux ravagent régulièrement ces terres, tandis que les forêts primaires subsistent encore sur les pentes inaccessibles des falaises de la côte Est. Ces formations végétales reliques recèlent une biodiversité incroyable, unique pour Mayotte.

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Au niveau des formations littorales, trois grands groupes de végétation dominent :
- la mangrove qui progresse au Nord et à l'Est de Moya
- la formation d'arrière plage colonisant la partie haute de la plage qui comprend des espèces pionnières telles Ipomea Pes-caprae, Tribulus cistoîdes et des espèces plantées comme le cocotier et le baobab.
- Le fourré littoral, très riche en espèces, situé sur les falaises dominant les plages ou sur les zones d'effondrement des falaises avec des arbres imposants comme Thespesia populnea, Albizzia lebbeck ou Phoenix reclinata.
Plus en retrait de la côte, s'étendent les savanes qui ont été cultivées, reboisées ou paturées.

Le cratère de Dziani Dzaha est le lieu d'un important patrimoine floristique du site de Papani Moya : flore particulière, adaptations physiologiques poussées, station unique de certains végétaux.

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Un ancien cratère est  aujourd'hui occupé par le lac DZIANI dont les eaux sulfureuses ont la réputation de soigner les maladies de la peau.
Un sentier de grande randonnée permet de découvrir les sites naturels de Petite Terre.

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Un suivi régulier concernant l'éco-éthologie des tortues marines a été mis en place sur le site depuis 1994. Installés dans la "Maison des gardes", les missions des agents sont la surveillance des plages (lutte contre le braconage), le marquage et le comptage des tortues, la sensibilisation des promeneurs aux problèmes de pollution et de respect de la faune et la flore. 

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