Les îles de l’archipel sont constituées de terrains très plats, dénués de végétation haute. Toutes sont bordées de plages de sable fin ou de cordons de galets blancs. La plupart sont reliées à marée basse à des lédénez, petits îlots annexes. Mais chacune d’entre elles possède aussi son identité propre, qui découle en partie de leur orientation. À l’ouest et au nord, davantage exposé aux éléments, le littoral présente des rochers façonnés par l’érosion marine et le vent. Au sud, sur les façades plus abritées, ce sont de longs estrans sableux et des eaux transparentes et turquoise.

Molène et Quéménès sont les deux seules îles habitées de l’archipel. Couverte d’une végétation rase, Molène, comme d’autres îles de l’archipel, possède des micro-paysages originaux : les loc’h, petits marais littoraux aux eaux saumâtres, isolés de la mer par un cordon de galets. Le Conservatoire du littoral possède la totalité des 26 hectares de l’île de Quéménès. Depuis 2007, il y expérimente un projet de développement durable. Alors que l’activité agricole avait été depuis longtemps abandonnée, il a encouragé l’installation d’un couple d’agriculteurs, afin notamment de conserver les paysages ouverts de l’île.