Situé dans la partie nord de l’île, le site de Red Rock est l’un des derniers ensembles naturels de Saint-Martin encore préservé. Ce massif, culminant à 286 mètres, présente une grande diversité biologique et paysagère : 182 espèces végétales peuplent ce site composé de forêt sèche, de savane et fourrés secs, de zone humide, de falaises, ainsi que de plages de sable et de galets. Ce site présente un littoral sauvage malgré la présence d’une installation de stockage de déchets non dangereux.

L’anse Marcel, située au nord de l’île au pied du massif de Red Rock, est une enclave formée d’une plage de sable blanc et d’une marina.

La baie de l’Embouchure est une zone touristique de la partie française de l’île. La plage du Galion est fréquentée par les touristes et locaux qui se rendent sur ce cordon de sable blanc d’environ 2 km, afin de se baigner dans ses eaux turquoise. Un récif corallien protège le littoral des risques de la houle.

Saint-Martin présente de nombreux étangs et lagunes, entourés pour la plupart de mangroves, zones humides possédant de très importantes fonctions écologiques. L’étang aux Poissons, situé à proximité de la baie de l’Embouchure, possède la plus grande mangrove de l’île. Aujourd’hui, on ne trouve plus que 35 hectares de mangroves à Saint-Martin en raison de la forte pression anthropique et de l’image négative de celles-ci dans l’inconscient collectif. Ainsi, remblaiements, rejets des eaux usées, dépôt d’ordures et défrichements sont encore largement pratiqués dans ces zones humides, pourtant essentielles pour leurs fonctions de nurserie, barrière de filtration et protection des espaces tampons.

Saint-Martin se situe au cœur de l’arc antillais, qui correspond à l’un des principaux couloirs migratoires de l’avifaune internationale. De nombreux oiseaux, se reproduisant en Amérique du Nord et hivernant plus au Sud (Amérique Centrale, Caraïbe, Amérique du Sud), fréquentent ces littoraux et ces abords d’étangs et de mares. Les dégradations subies par les zones humides sur l’île entraînent nécessairement une perte de ces populations. Pélican, Grand Paille-en-queue, Sterne bridée ou encore Grande Aigrette trouvent sur le littoral Saint-Martinois, un parfait refuge pour passer l’hiver nord-américain, y résider tout au long de l’année ou y faire une halte avant de poursuivre leur route.

Sur la partie Est de l’île, de Red Rock à Babit Point, les sols des mornes sont ponctués de « boulders » (grosse pierre dure arrondie par l'érosion, au cœur de roche vitrifiée verdâtre, mais dont la croûte extérieure est rendue grise par l'oxydation). Ces roches signent le témoignage précieux de la formation géologique de l’île.

Le relief de l’est de l’île de Saint-Martin est particulièrement adapté à cette espèce de cactus surnommé localement, le “ Tète a l’anglé” ou le « coussin de belle-mère ». Ce cactus endémique des Petites Antilles, caractéristique des milieux secs, est protégé par arrêté ministériel du 26 décembre 1988. Présentant un aspect globuleux, il arbore des inflorescences rouges pouvant mesurer jusqu’à 1m de haut, nommées cephaliums, qui lui permettent de se reproduire. C’est une espèce encore abondante localement, mais qui, au regard de l’avancée de la dégradation de son habitat naturel (urbanisation, pâturage …), nécessite des mesures de protection. Depuis 2013, cette espèce figure sur la liste rouge de l’UICN des espèces protégées et le site du Conservatoire de Babit Point en constitue un véritable sanctuaire.